约翰·里瑟和他的朋友根、哈罗德·芬奇正被人全城追杀中，凶手是一个名叫“撒马利亚人（Samaritan）”的神秘组织。“撒马利亚人”是一个新型的人工智能系统，有人想让撒马利亚人替代芬奇制造的“机器（The Machine）”。芬奇和里瑟护送着装有“机器”内存芯片的工具箱返回他们的地下老巢。警察莱纳尔·弗斯科护送的两名黑帮大佬在护送途中被人射杀，联调局和内务部的人一起对弗斯科进行调查。根在逃亡的途中前
芬奇成功唤醒了“机器”，然而由于承载机器的设备太过于简陋，机器一直出现各式各样的故障。里瑟与芬奇给机器偷回来了一组全新的GPU，“机器”终于运转起来了，并且相比以前开放了自身系统——可以搜索任何事任何人！“机器”重新开始工作，里瑟和弗斯科根据“机器”的分析提示，前往制止可能发生的犯罪事件。可是里瑟和弗斯科分别跟踪的“嫌犯”目标却并没有真正要犯罪的样子，与此同时，“机器”将芬奇和根认为是威胁目标并将
“机器”给出了新的“号码”——亚历克斯·邓肯，为一家国际咨询公司工作的电脑硕士。芬奇为里瑟伪造了身份帮助里瑟进入邓肯公司进行调查，里瑟发现邓肯在下班后，潜入上司的办公室偷取文件。就在里瑟打算继续跟踪邓肯时，邓肯却被CIA带走，CIA行动的领队居然还是里瑟的老上司——比尔。另一方面，根被“机器”派去运输公司执行任务，根调查出“撒马利亚人”正在大规模安插自己的恶意软件。里瑟从比尔手上救出了邓肯，邓肯向
